HPLC 系统中存在的藻类会引起许多问题，这些问题可能会被错误地诊断为仪器问题或应用问题。藻类在水介质中生长，尤其是 pH 值为 4 至 8 的水介质。缓冲溶剂（例如磷酸盐或醋酸盐）的使用加速了藻类的生长。由于藻类通过光合作用生长，光线也能够促进藻类的生长。即使在蒸馏水中，小型藻类也会在一段时间后生长。
HPLC 系统中各处的藻类沉积和生长，会引起以下问题：
溶剂过滤器堵塞或者入口阀或出口阀上的沉积物，将导致流量不稳定、成分或梯度问题或者泵完全失效。
通常放置在进样器前的小孔高压溶剂过滤器堵塞会导致很高的系统压力。
PTFE 滤芯堵塞，导致系统压力升高。
堵塞色谱柱过滤器，导致系统压力升高。
检测器的流通池窗口不洁净，导致更高的噪声级别（因为检测器是流路的最后一个模块，该问题比较少见）。
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