HPLC システムに藻が存在すると、機器やアプリケーションの問題として誤って診断される可能性のある多くの問題を引き起こします。水性溶媒中の藻は、pH 範囲 4 ～ 8 の間で繁殖しやすくなります。藻の繁殖はリン酸あるいは酢酸などの緩衝液により加速します。藻は光合成で繁殖するため、光もまた繁殖を促進します。蒸留水を使用しても、時間がたつと小さな藻が繁殖します。
藻は HPLC システム内のあらゆるところに堆積、繁殖する可能性があり、以下のような問題を引き起こします。
溶媒フィルターの詰まりや、インレットバルブあるいはアウトレットバルブへの堆積によって、流量が不安定になったり、組成やグラジエントの問題が発生したり、ポンプが全く機能しなくなったりします。
通常はインジェクタの前に取り付けられている小粒径の高耐圧溶媒フィルターが詰まると、システム圧力が高くなります。
PTFE フリットが詰まると、システム圧力が上昇します。
カラムフィルターが詰まると、システム圧力が高くなります。
検出器のフローセルウィンドウの汚れは、高いノイズの原因となります（検出器は流路の最後のモジュールであるため、この問題の発生頻度は高くありません）。
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